Dyrektor Izby Celnej w Białymstoku oraz Naczelnicy podległych Urzędów Celnych w Białymstoku, Łomży i Suwałkach są terenowymi organami administracji rządowej podporządkowanymi Ministrowi Finansów, wykonującymi zadania z zakresu administracji rządowej w województwie podlaskim (ustawa z dnia 23 stycznia 2009 r. o wojewodzie i administracji rządowej w województwie - Dz. U. z 2015 r., poz 525)
Dyrektor Izby Celnej w Białymstoku oraz Naczelnicy podległych Urzędów Celnych w Białymstoku, Łomży i Suwałkach są organami Służby Celnej, realizującymi w szczególności zadania organów celnych i organów podatkowych (ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej - tj. Dz. U. z 2013 r., poz. 1404, z późn. zm.).
Właściwość miejscowa organów Służby Celnej w sprawach postępowań celnych, dozoru celnego i kontroli celnej została określona w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 23 kwietnia 2004 r. w sprawie właściwości miejscowej organów celnych (t.j.: Dz. U. z 2013 r., poz. 192).
Właściwość miejscowa organów Służby Celnej w zakresie akcyzy została określona (rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 19 marca 2015 r. w sprawie właściwości urzędów celnych i izb celnych w zakresie akcyzy (Dz. U. 2015. 422).
Właściwość miejscową Dyrektora Izby Celnej w Białymstoku w zakresie podatku od gier określa rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 20 marca 2015 r. w sprawie właściwości urzędów celnych i izb celnych w zakresie podatku od gier (Dz. U. z 2015 r. poz. 435).
Właściwość miejscowa organów Służby Celnej do wykonywania zadań określonych w Kodeksie karnym skarbowym została określona w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 24 marca 2015 r. w sprawie właściwości miejscowej urzędów celnych i izb celnych oraz wyznaczonych urzędów celnych do wykonywania zadań określonych w Kodeksie karnym skarbowym.
Właściwość miejscowa organów Służby Celnej w zakresie, w jakim właściwość ta nie wynika z przepisów regulujących zadania organów celnych i organów podatkowych została określa w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 29 października 2009 r. w sprawie właściwości miejscowej organów Służby Celnej w zakresie, w jakim właściwość ta nie wynika z przepisów regulujących zadania organów celnych i organów podatkowych (t.j.: Dz. U. z 2013 r., poz. 481).
Izba Celna w Białymstoku wraz z podległymi urzędami celnymi została utworzona na mocy rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 23 października 2009 r. w sprawie utworzenia izb celnych i urzędów celnych oraz określenia ich siedzib (Dz. U. Nr 180, poz. 1404).
Organizację izb celnych i urzędów celnych określa statut nadany, w drodze zarządzenia, przez Ministra Finansów – zarządzenie Nr 28 Ministra Finansów z dnia 28 czerwca 2013 r. w sprawie nadania statutów izbom celnym i urzędom celnym (Dz. Urz. MF z 2014 r., poz. 56, z późn. zm.).
Izba Celna w Białymstoku jest jednostką budżetową, czyli jednostką organizacyjną sektora finansów publicznych, która pokrywa swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadza na rachunek dochodów budżetu państwa. Izba Celna w Białymstoku prowadzi gospodarkę finansową według zasad określonych w ustawie dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (t.j.: Dz. U. z 2013 r., poz. 885, z późn. zm.).